Desculpem a demora para publicar esse artigo (era para ter sido feito ontem), estava procurando mais ferramentas de documentação para complementar a documentação base, mas não encontrei nenhuma que fosse relevante e gratuita.
phpDocumentator: Inicialmente chamado de PHPDoc, possui suas origens na documentação das extensões presentes no PEAR, em 2000, quando o PHP4 acabava de ser lançado. Hoje, é de longe a ferramenta para documentação mais usada, e possui uma inumerável quantidade de recursos, incluindo a capacidade de gerar saídas nos formatos HTML, PDF, CHM e XML DocBook, e duas interfaces (Web e em linha de comando) bem como destaque em cores de acordo com a sintaxe do código fonte (source-code highlighting). Para saber mais a respeito do phpDocumentator, acesse o manual on-line.
PHP DOX: Um sistema de pesquisa em documentação PHP, com funcionalidades em AJAX, que permite a busca por títulos de todas as páginas da documentação do PHP
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